Selanjutnya kita masuk pada masa kerajaan Mataram. Mataram berusaha untuk melemahkan kadipaten Surabaya dengan cara menyerang sekutu-sekutu Surabaya terlebih dahulu. Siasat Mataram untuk menyerang wilayah kekuasaan Surabaya memiliki tujuan untuk memutuskan jalur logistik ke Surabaya. Usaha Sultan Agung tidak pernah berhasil membuat Surabaya jatuh. Meskipun Sultan Agung selalu gagal dalam menaklukkan Surabaya, namun Sultan Agung tidak pernah menyerah. Setelah beberapa dekade Sultan Agung dapat menundukan wilayah sekitar Surabaya seperti Tuban di tahun 1619 dan Madura di tahun 1624, namun masih belum bisa menjatuhkan kadipaten Surabaya. Hingga akhirnya ekspedisi panjang Mataram ini menggunakan taktik sabotase, yakni dengan mencemari sungai Kalimas dengan bangkai hewan, manusia, dan buah aren. Akhirnya kadipaten Surabaya menyatakan kekalahannya pada Mataram di tahun 27 Oktober 1625.